Отличительные особенности программы «Юный исследователь» заключается в том, что приоритетным направлением системы обучения и воспитания по данной программе является формирование у учащихся способности самостоятельно, творчески осваивать новые способы деятельности в любой сфере человеческой культуры. Проведение занятия рассматривается как особое направление внеклассной и внешкольной работы, тесно связанное с учебным процессом и ориентированное на развитие исследовательской, творческой активности детей, а также на углубление и закрепление имеющихся у них знаний, умений и навыков по предметам гуманитарного цикла.
Приобщение школьников к исследовательской деятельности позволит сформировать устойчивый интерес к определенной области знаний.
Для детей школьного возраста очень важна успешность в деятельности, а также чувство комфорта, поэтому занятия ориентируются на личность каждого ребенка. Идет процесс формирования нравственных идеалов и моральных убеждений. Используются не только индивидуальные, но и коллективные формы обучения, для решения воспитательных задач, связанных с возрастными особенностями детей.